W XIII-XIV wiekach na terytorium państwa Zakonu Krzyżackiego istniały cztery biskupstwa. Samlandzkie biskupstwo obejmowało ziemi na północ od rzeki Pregoły. Rezydencja biskupia mieściła się w Altstadzie, gdzie do kościoła należało 1/3 część wzgórza, na którym został zbudowany zamek Koenigsberg. Na skraju Altstadtu w 1300r postawiono drewniany kościół. W 1322r biskup Johannes Klare i mistrz kraju Fridrich von Wildenberg wymienili się pismami, w których zakon odstępował biskupowi część wyspy Kneiphof, położonej między dwiema odnogami Pregoły dla zbudowania nowego kościoła w zamian za ziemię w Altstadcie.
W zachodniej części wyspy Wielki Mistrz Zakonu Werner von Orseln w 1327r zakłada miasto Kneiphof. Nowy kościół katedralny z kamienia miał się stać głównym w biskupstwie a także kościołem parafialnym dla mieszkańców wyspy.
Do budowy przystąpionow 1330r. Biskup planował wznieść kościół-twierdzę, ale Zakon nie mógł dopuścić do powstania obok swojego zamku biskupiej twierdzy. Mistrz zakonny Luter von Braunsweig wydał w 1333r specjalny dokument, jednoznacznie określający maksymalną wysokość kościoła, grubość murów i rozmiary innych elementów. Kościół budowano około 50-lat. Wyróżnia się trzy części kościoła budowane w różnych latach. Część wschodnia- najwcześniejsza, częśc środkowa trójnawowej bazyliki i zachodnia – wieża dzwonna, która powstała najpóźniej.
Kościól od początku służył także jako miejsce pochówku osobistości świeckich i hierarchii kościelnej. Świadczy o tym ponad 100 nadgrobków i epitafium znajdujących się wewnątrz i na zewnątrz kościoła.
Od 1560r kościół staje się także kościołem uniwersyteckim, gdzie zaczęto chować wybitnych profesorów. W 1804r pochowany zostaje w kościele profesor filozofii, rektor Emmanuel Kant.
W czasie ostatniej wojny pożar powstały w wyniku bombardowania lotniczego niszczy swiątynię. Od 1992 rozpoczęto prace restauracyjne budowli i odtworzeniowe wnętrza, które po udostępnieniu społeczności obiektu, stworzeniu muzeum trwają nadal.
Na kształt bryły przestrzennej kościoła składa się prostokątny mocno wydłużony chór, trójnawowa cześć środkowa i stykajace się z zachodnią stroną dwie wielopiętrowe wieże z rozmieszczonym pośrodku prezbiterium. Mury wzmacniają skarpy. W przestrzeniach między skarpami chóru umieszczono wysokie ostrołukowe nisze ślepych okien, a między skarpami naw potrójny rząd ostrołukowych otworów okiennych, z których centralny szereg jest przeszklony a boczne stanowią ślepe wnęki. Zachodnia fasada w dwóch dolnych kondygnacjach posiada potrójne ostrołukowe otwory analogicznie do północnej i południowej fasady. Otwory okienne trzeciej kondygnacji są znacząco mniejsze i częściej rozmieszczone. Zróżnicowane są zwieńczenia wież. Południowa powyżej szóstej kondygnacji przybiera kształt wielokątnej u podstawy z wysokim szalasowym przykryciem i iglicą a północna zwieńczona jest frontonem dwuspadowego dachu.
Wejście główne ozdabia profilowany portal, wejścia boczne mają podbne portale mniejszych rzmiarów.
W otworach okiennych naw umieszczono maswerki rzeźbione w kamieniu, a ślepe imitacje maswerków wykonane czerwoną ochrą na otynkowanej powierzchni. Pierwsza i druga kondygnacja wież oraz prezbiterium posiadają sklepienia krzyżowe. Na drugie piętro zachodniej części prezbiterium prowadzą kręcone schody ozdobione charakterystycznymi dla gotyku elementami. Nawy główna i boczne posiadaja ostrołukowe sklepienia palmowe z charakterystycznymi żebrami. Posadzka wyłożona była wielkogabarytowymi cegłami o wymiarach 9 x 15 x 31 cm. połączonych zaprawą wapieną .
Ogólne rozmiary zabytku: długość 96,8m, szerokość chóru 14,2m, szerokość łączna naw 30,5m